A Neiva também obteve grande sucesso com treinadores para uso militar, ao fabricar o C-42 (U-42) Regente, o Regente Elo L-42 e o Universal T-25– este último voou até mesmo pela esquadrilha Cometa Branco, precursora da fase T-27 do Esquadrão de Demonstração Aérea, e ainda voou pela própria Esquadrilha da Fumaça, entre 1981 e 1983. O T-25, aliás, foi o precursor do T-27 Tucano, indiscutível sucesso da Embraer a partir da década de 80.
    A partir de 1960 a Neiva aproximou-se do CTA, exercendo suas atividades também em São José dos Campos para dar maior incremento ao setor de pesquisas e desenvolvimento de novos tipos de aeronaves. A Embraer, criada dentro do CTA em 1969, deu grande impulso à Neiva. Na década de 70, uma parceria entre as duas, iniciou a montagem no Brasil de aviões da linha Piper.

    Surgiram os modelos Corisco, Tupi, Carioca, Seneca, Navajo, Sertanejo e Minuano, que adquiriram grande confiabilidade e excelentes vendas país afora.

    A Embraer assumiu o controle acionário da Neiva em 11 de março de 1980 e transferiu a engenharia e toda linha de produção dos aviões leves para Botucatu, o que provocou a desativação das instalações industriais da Neiva em São José dos Campos. Também a produção do avião agrícola Ipanema foi transferida para lá.

    Em 1982 a Neiva iniciou o processo de conversão de aviões Navajo (com motores a pistão) em Carajá (com motores turboélices) e em 1990 iniciou a nacionalização de componentes da linha Piper. No final da década de 90 foi a vez da transferência da linha de montagem do EMB-120 Brasília, que se prolongou até 2003, quando este bimotor turboélice deixou de ser produzido. Hoje, como subsidiária da Embraer, a Neiva produz em Botucatu componentes da família ERJ 145 e da família EMBRAER 170/190 e também partes do ALX/Super Tucano de treinamento militar. Prossegue também a produção do EMB-202 "Ipanemão”.

    Atualmente com 1.324 empregados e mais de 3.800 aviões entregues, a Neiva é líder brasileira na produção de aviões para pulverização agrícola. Já foram produzidos quase 1.000 unidades do Ipanema em mais de 30 anos de produção contínua, totalizando hoje 80% da frota nacional nesta área. A comemoração dos 50 anos da Neiva coincidiu com a certificação, pelo CTA, do EMB-202A , o “Ipanemão” a álcool, uma promessa para reduzir os custos operacionais na utilização de aviões agrícolas.

    Por tudo isso a Neiva é um capítulo importantíssimo da história da aviação brasileira, e que ainda está sendo escrito.